Il complesso episcopale già nel IV secolo comprendeva diversi edifici e in quella stessa area, alla fine del XIV secolo, cominciò la costruzione della Cattedrale. Gli edifici originari sono ora ridotti a pochi resti di murature ancora in situ e ad alcuni elementi architettonici conservati nei musei. In un’area corrispondente al transetto sinistro del Duomo, si trovavano le due basiliche, dette Vetus e Minor ed il battistero di S. Stefano. Quest’ultimo, degli inizi del IV secolo, è ancora visibile in un sotterraneo: la forma ottagonale della vasca era sottolineata dalla presenza di un rivestimento in lastre di marmo.

In corrispondenza dell’attuale sagrato del Duomo era ubicata la basilica Nova, dedicata prima al Salvatore e poi a Santa Tecla, costruita nella prima metà del IV secolo, con orientamento E-O e pianta rettangolare con cinque navate (circa 67 metri di lunghezza e 45 di larghezza). La chiesa, compresa la facciata, fu ricostruita dopo la metà del V secolo per essere poi demolita alla metà del ‘500. Le parti basali della facciata e delle murature perimetrali, con fondazioni in conglomerato di ciottoli e malta, furono rinvenute negli anni ‘40 durante degli scavi prima per il rifugio antiaereo e poi, negli anni ‘60, per la stazione Duomo della Metropolitana Milanese. Nell’ambiente sotterraneo, cui si accede dalla contro-facciata del Duomo, è conservato il tracciato dell’abside semicircolare di 17 metri di diametro e alcune porzioni del pavimento.
Si tratta di un pavimento in opus sectile a motivo geometrico formato da esagoni, triangoli, quadrati e rombi (lati di 15, 12 o 7,5 cm). I materiali lapidei impiegati sono molto numerosi, anche a causa di successivi interventi di manutenzione. Nel nartece sono stati utilizzati: calcari neri e calcari grigi delle Prealpi, rosso ammonitico e pietra di Botticino. Nell’aula sono stati utilizzati: calcari neri e calcari grigi delle Prealpi, rosso ammonitico, calcare bianco, marmi di Candoglia e Ornavasso, marmi bianchi e grigi (Bardiglio apuano), marmi venati (Proconnesio), marmi colorati (Africano, Breccia corallina, Cipollino, Cipollino rosso, Fior di Pesco, Pavonazzetto, Verde antico). Nel bema sono stati utilizzati: calcare nero delle Prealpi, calcare bianco, marmo di Candoglia, marmi colorati (Breccia corallina, Cipollino, Pavonazzetto). I gradini del bema sono stati realizzati con Ghiandone, marmo di Musso e marmo di Candoglia. Infine, il pozzo è costituito da elementi squadrati di marmo Proconnesio.
Un reperto interessante, conservato nello stesso ambiente sotterraneo, è la cosiddetta soglia della porta di S. Tecla: un monolito di Ghiandone di 3,5 m di lunghezza, 0,6 m di larghezza e 0,45 m di profondità, per un peso di circa 2,6 tonnellate.